Theo sử sách không chính thức, Văn Định vương hậu đã nuôi dạy, bảo vệ và coi Vương thế tử (tức Nhân Tông) như con đẻ của mình, giúp Nhân Tông lên ngôi.

Lúc bà còn tại vị trung điện của Trung Tông bà đã gặp phải rất nhiều sóng gió trong hoàng cung do tranh chấp quyền lực và quyền thừa kế ngôi vị. Đặc biệt bà phải đối phó với Kính tần Phác thị - 1 người hết sức mưu cơ được một số đại thần trong triều chống đỡ, cùng với con trai là Phúc Thành quân đang có âm mưu loại trừ Thế tử để lên kế vị. Việc bà được đưa vào cung với mục đích ban đầu là để nuôi dạy và bảo vệ cho Thế tử còn nhỏ tuổi, đã khiến bà trở thành người cản đường mẹ con Kính tần thực hiện âm mưu. Rất nhiều độc kế nhắm thẳng vào bà đều đã được giải quyết nhờ bản lĩnh của bà và sự giúp đỡ từ người thiếp của Doãn Nguyên Hành là Trịnh Lan Trinh.

Năm 1534, bà sinh được con trai của mình, tức Minh Tông tương lai, khi ấy liền mang tước hiệu Khánh Nguyên đại quân (慶原大君). Từ đó nảy sinh ra phe Đại Doãn do Doãn Nhậm bảo vệ Vương Thế tử và Tiểu Doãn do Doãn Nguyên Hành đứng đầu bảo vệ Khánh Nguyên đại quân.

Năm 1545, Trung Tông đại vương băng hà, Thế tử lên ngôi, tức Triều Tiên Nhân Tông. Doãn Nhậm cố hết sức tiêu diệt Tiểu Doãn nhưng không được vì Văn Định vương hậu ra mặt bảo vệ phe Tiểu Doãn. Khi ấy, bà được tôn làm Vương đại phi.

Tuy nhiên, Nhân Tông mất do bệnh tật khi mới chỉ tại vị được chưa đầy 1 năm, lúc này con đẻ của Văn Định vương hậu là Khánh Nguyên đại quân lên ngôi, tức Triều Tiên Minh Tông. Nhân Tông đại vương mất, trong cung nói rằng do ông đau buồn vì cái chết của cha mà sinh bệnh, nhưng dân gian đồn đãi rằng chính do Văn Định vương hậu hạ sát. Tuy là con trai kế vị, Đại phi Doãn thị lại được tấn phong làm Đại vương đại phi, tước vị cao hơn Vương đại phi một bậc vì nội chế Triều Tiên gia tôn trước hiệu cho các Vương phi, đều là xét cách đời chứ không xét bối phận. Còn Vương phi Phác thị của Nhân Tông được tôn làm Vương đại phi.